LOMETS programını kurmak için bağlantıya gidip I-TASSER programı indirebilmek için kayıt olmanız gerekiyor. Kayıt olduktan sonra size teyit e-maili geliyor ve bu mail’de şifreniz de belirtiliyor. Daha sonra şu bağlantıya gidip mail adresiniz ve şifrenizle giriş yapıp programı indirebilirsiniz. Size dönüş yapmaları gün içinde olabilir veya birkaç gün sürebilir.
Programı indirdikten sonra aşağıdaki komut ile veya istediğiniz başka bir biçimde dosyayı açın (bu aşamadan sonra README dosyasından da faydalanabilirsiniz).
[pastacode lang=”bash” manual=”tar%20-xvf%20I-TASSER5.0.tar.bz2″ message=”” highlight=”” provider=”manual”/]
Daha sonra kütüphane dosyalarını indirmeniz gerekiyor. Bunun için programın içerisinde gelen scripti kullanabiliriz. Programı açtığım dizine girip LIBDIR isminde bir klasör oluşturdum ve scripti çalıştırdım.
[pastacode lang=”bash” manual=”cd%C2%A0I-TASSER5.1%0Amkdir%20LIBDIR%0A.%2Fdownload_lib.pl%20-libdir%20LIBDIR” message=”” highlight=”” provider=”manual”/]
Scripti çalıştırdığımız bu opsiyonla indirilebilecek bütün kütüphaneler indiriliyor. Tabi bu işlem uzun bir vakit alabilir. Unutulmaması gereken bir diğer nokta da programı kullanmak için JAVA programına da ihtiyaç duyulduğudur. Aşağıdaki şekilde JAVA’yı kurabilirsiniz.
[pastacode lang=”bash” manual=”sudo%20apt-get%20update%20%26%20upgrade%0Asudo%20apt-get%20install%20default-jdk” message=”” highlight=”” provider=”manual”/]
LOMETS programını I-TASSERmod klasöründe bulunan runLOMETS.pl scripti ile kullanacağız. Scripte herhangi bir parametre vermeden çalıştırdığımızda bize hangi parametrelerin kullanılabileceğini ekrana yazdırıyor.
[pastacode lang=”bash” manual=”I-TASSERmod%2FrunLOMETS.pl” message=”” highlight=”” provider=”manual”/]
LOMETS programını kullabilmek için zorunlu parametreler ise şunlardır;
[pastacode lang=”bash” manual=”I-TASSERmod%2FrunLOMETS.pl%20-libdir%20library_directory%20-seqname%20sequence_name%20-datadir%20data_dir” message=”” highlight=”” provider=”manual”/]
Bunlardan libdir daha önce kütüphaneleri indirdiğimiz dizin, seqname programa girdi olarak vermek istediğimiz proteinin fasta dosyasının ismi, datadir ise fasta dosyasının bulunduğu dizindir. I-TASSER dizininde örnek için kullanmak üzere example klasörü ve bu klasörün içinde seq.fasta isimli bir dosya bulunmaktadır. Ben öncelikle denemek üzere bu dosya için programıI-TASSER dizininde aşağıdaki komut ile çalıştırdım.
[pastacode lang=”bash” manual=”I-TASSERmod%2FrunLOMETS.pl%20-libdir%20LIBDIR%2F%20-seqname%20seq.fasta%20-datadir%20example%2F” message=”” highlight=”” provider=”manual”/]
Programın çıktı vermesini bir müddet beklemeniz gerekiyor.
LOMETS Kolay Çalıştırma Scripti
Aşağıdaki script ile lomets programını kolayca çalıştırabilirsiniz.
[pastacode lang=”bash” manual=”i_tasser_suite_dir%3D%241%0Alib_dir%3D%242%0Aseq_name%3D%243%0Adata_dir%3D%244%20%0Aperl%20%24i_tasser_suite_dir%2FI-TASSERmod%2FrunLOMETS.pl%20-libdir%20%24lib_dir%20-seqname%20%24seq_name%20-datadir%20%24data_dir” message=”itasser.sh” highlight=”” provider=”manual”/]
Bu scripti aşağıdaki komut satırı ile çağırabiliriz.
[pastacode lang=”markup” manual=”bash%20itasser.sh%20home%2Fnuh%2Fitasser%20%2Fhome%2Fnuh%2Fitasser%2Flib%20seq.fasta%20%2Fhome%2Fnuh%2Fitasser%2Fexample” message=”” highlight=”” provider=”manual”/]
Bu şekilde çalıştırdığımızda çıktıyı data dizinine verecektir (/home/nuh/itasser/example). Başka bir dizine verilmesi istenirse output klasörü de girdi olarak verilmelidir.
Osman Öndeş‘in yazdığı Avni Paşa anlatıyor adlı kitapta da geçen Vahdettin’in yarım kalan hatıraları – Vahdettin İftiralara Cevap Veriyor adlı bu eser Sultan Vahdettin’in bir kısmını Avni Paşa‘ya yazdırdığı bir kısmını da kendi yazdığı ama yarım kalan hatıraları içermektedir. Peki Osman Öndeş’in yazdığı kitaptan farklı olarak bu kitapçık içerisinde ne var diyecek olursanız, bu kitapçık hatıratın orjinal metnini (osmanlıca alfabesi), orjinal tercümesini ve günümüz Türkçesine çevirisini barındırıyor. Ben orjinal metne ve orjinal çeviriye göz attıktan sonra gününüz Türkçesine sadeleştirilmiş halini okudum (17 sayfa). Kitap da ayrıca bir giriş metni bulunmaktadır. Sultan Vahdettin’in iddiaları sizi şaşırtacak ama bunun hatırat olduğunu da gözardı etmemek gerekiyor. Avni Paşa anlatıyor adlı kitap çıkınca zaten konu haber de olmuştu. İnternetten yapılacak araştırmayla içerdiği bilgilerin bir kısmına ulaşabilirsiniz. Bu arada hatıratın çevirisinde iki yer sansürlenmiş birisi bilinen bir atasözü olduğundan dolayı tahmin edilebiliyor. Ama diğer kısmı metinden çıkarmak mümkün değil, Osmanlıca orjinalinden de ben çıkaramadım. Bilen birileri rahatlıkla okuyabilecektir.
Kitap 2002 yılında Necip Hablemitoğlu suikaste uğramadan önce yazılmış. Yayınlanması ise ölümünden sonra olmuş. Yazarın kitaptaki bütün fikirleri için hemfikir olur musunuz bilmem ama, aradan geçen 16 yıl sonrasında bu kitabı okumak kesinlikle gerekir diye düşünüyorum.
