Author Archives: nuh

Mendeley kurulum ve Latex ile kullanımı

Bir önceki yazımda Latex kurulumundan ve nasıl kullanılacağına başlangıçtan bahsetmiştim. Bu yazımda ise Mendeley programından ve Latex ile birlikte kullanımından söz edeceğim. Mendeley programını makalelerinizi okumak ve paylaşmak, literatür oluşturmak ve referans vermek için kullanabileceğiniz çok kullanışlı bir yazılımdır. Ben referans vermek için nasıl kullanılabileceğinden bahsedeceğim. Kurulum ve kullanım için aşağıdaki adımları takip edebilirsiniz.

  • Öncelikle Mendeley websitesine girip Create Account diyerek bir hesap oluşturuyoruz.
  • Daha sonra Download menüsünden Mendeley programını indiriyoruz ve kuruyoruz (ben şu an için Windows versiyonunu indirip kurdum, Linux versiyonunu da deneyeceğim).

Program kurulumu tamamlandı. Şimdi amacım bir bibliyografi oluşturarak bu bibliyografiyi Latex’te referans vermek ve referanslar bölümü için kullanmak. Bunun öncelikle Mendeley programında Tools > Options menüsüne giriyoruz.

Açılan menüde Enable BibTeX syncing seçeneğini seçiyoruz ve ardından Create one BibTeX file per group diyoruz. Dosyayı nereye kaydedeceğini belirliyoruz. OK‘e basıp pencereyi kapatıyoruz. Böylelikle oluşturduğumuz her grup için otomatik olarak bir BibTeX oluşacak. Ben her yayın için bir grup oluşturmayı düşünüyorum.

Öncelikle sol taraftaki menüde bir grup (bioinformatics_makale) oluşturdum. Sonrasında yayında kullanacağım tüm makaleleri bu klasörün içerisine attım. Referans vereceğiniz her makale elinizde bulunmayabilir bu durumda Literature Search‘e tıklayarak makale isminde arama yapabilir bulduğunuz makaleyi Save Reference ile dökümanlarınıza kaydedebilir ilgili klasörünüze taşıyabilirsiniz. Klasörünüzü tamamıyla oluşturduğunuzda daha önce belirttiğiniz dizinde grupisminiz.bib (benim grubum için bioinformatics_makale.bib) şeklinde dosyanın oluştuğunu göreceksiniz (Ayrıca Literature Search’ten bulamadğınız makale olursa bu durumda Google Akademik’ten makaleyi bulup BibTeX formatında alıntı yap diyip bu alıntıyı kopyalayabilir daha sonra .bib uzantılı dosyanızı bir text editörde açıp bu dosyaya ekleyebilirsiniz).

Bu dosyayı Latex’te kullanmak için öncelikle makaleyi oluşturduğum Latex dizinine bu dosyayı kopyaladım. Daha sonra Tex Studio’da .tex uzantılı main dosyama geldim ve en alt kısmına aşağıda komutlarla bibliyografi dosyamı girdim. İlk satır referans stilimi gösteriyor. Bu sizin yazdığınızı dergiye göre değişiklik gösterebilir. İkinci satır ise referansların hangi dosyadan alınacağını belirtiyor.

\bibliographystyle{natbib}
\bibliography{bioinformatics_makale}

Şimdi gelelim yazı içerisinde nasıl referans vereceğimize. Her hangi bir yerde referans vermek istediğimizde \citep komutunu yazıyoruz. Yazar yazmak otomatik tamamlamada ilgili bibliyografi dosyasındaki tüm referanslar geliyor. Biz buradan istediğimiz referansı seçiyoruz. Referansı seçtiğimizde komut \citep{Altschul1997} şeklinde oluyor.

Ayrıca seçtiğimiz referans makalenin en sonunda referanslar bölümüne de otomatik olarak eklenmiş oluyor.

Referansların yazım stili daha önce bahsettiğim \bibliographystyle komutu ile değiştirilebilir. Size uygun biçimi seçmelisiniz. Ayrıca referans vermek için kullanacağınız farklı komutların olduğunu da unutmayın. Bunlar; citet, citep, citealt, citealp komutlarıdır. Referansların metin içerisinde görünümünü bu komutları kullanarak değiştirebilirsiniz.

Latex başlangıç

Malumunuz akademik çalışmalar yapıyorsanız tez, makale, bildiri vs. yazmanız gerekmektedir. Bu konularla uğraşanlar genellikle Microsoft Office Word yada Libre Office Writer ile başlarlar. Fakat bir müddet uğraştıktan sonra görürler ki ekleme çıkarma esnasında yazı oraya kaydı, resim buraya kaydı derken iş içinden çıkılmaz bir hal almakta çok fazla zaman kaybı olmaktadır. Yıllarca kendisinden haberdar olduğum ama dışarıdan karmaşık göründüğünden dolayı kullanmadığım LaTeX’e sonuçta el atmış bulunmaktayım. Bu amaçla öncelikle internette birkaç yazı okudum. Sonrasında kurulumun nasıl olacağını anlatan link‘teki yazıdan yararlanarak programı kurdum. Bu sebepten dolayı ilgili yazının yazarına paylaşımından dolayı teşekkür ediyorum. Kurulum esnasında onun izlediği yöntemi kullandım. Bu yazıyı yazmamdaki amaç ise kurulum adımlarının blogumda da bulunmasını istiyorum. Yine malumunuz konu hakkında Türkçe kaynak çok fazla bulunmuyor. Bu sebepten dolayı ilerleyen zamanlarda LaTeX kullanımına ve ipuçlarına dair yazılarım olacaktır. Aşağıda kurulum esnasında izlediğim adımlar bulunmaktadır.

  1. MikTeX kurulumu
  2. Ghostscript kurulumu
  3. GSview kurulumu
  4. Editör olarak TeXstudio kurulumu

Bu adımlardan sonra kurulum tamamlanmıştır. Peki bu aşamadan sonra nasıl bir başlangıç yaptım. Öncelikle makale hazırladığım derginin sitesinden Latex şablonunu indirdim ve şablon içerisinde tablo, figür, başlık, referans örnekleri olduğundan dolayı onları düzenleyerek yazmaya başladım. İhtiyacım olduğu yerlerde arama yaparak sorunları çözdüm. Bundan sonraki süreçte Latex’te karşılaştığım problemleri ve çözüm yollarını buradan paylaşacağım.

Kurulum için yararlandığım kaynak adresi: http://asuyatuyolar.org/2011/07/latex-nasl-kurulur

Ubuntu rm: cannot remove ‘…’: Device or resource busy hatası ve çözümü

Ubuntu’da bir klasörü cp ile başka bir yere kopyalarken işlemi kesmek zorunda kaldım. Sonrası ilgili klasörü silmeye çalıştığımda rm: cannot remove ‘data/.nfs0000000004f9760f0000000c’: Device or resource busy hatasını aldım ve dosya silinemedi. Dosyayı silebilmek için lsof komutundan yararlandım. Öncelikle aşağıdaki kod ile ilgili dizinde çalışan process’in id‘sini öğrendim.

lsof +D /path

Daha sonra kill -9 id komutu ile process’i öldürdüm. İlgili dizin artık meşgul değil yada herhangi bir process tarafından kullanılmıyor. Dolayısıyla artık silebilirim.

Windows 10 – Kablosuz ağ profillerini yedekleme ve geri yükleme

Backup’ı almak için bir dizin oluşturuyoruz. Komut arayüzünü açıyoruz. Aşağıdaki komut ile kablosuz ağ profillerimizi yedekliyoruz (backup) alıyoruz.

netsh wlan export profile folder=C:\wifibackup

Sadece bir profili kopyalamak istiyorsak aşağıdaki komutu kullanıyoruz.

netsh wlan export profile "wifi_profil_ismi" key=clear folder=c:\wifibackup

Yedeklediğimiz profilleri geri yüklemek için aşağıdaki komutları kullanıyoruz. İlki mevcut kullanıcı için yükler, ikincisi ise tüm kullanıcılar için.

netsh wlan add profile filename="c:\wifi\profilename.xml" user=current
netsh wlan add profile filename="c:\wifi\profilename.xml" user=all

Kaynak: https://winaero.com/blog/backup-and-restore-wireless-network-profiles-in-windows-10/

Xerox Phaser 3121 Printer – Windows 10 driver

Normalde Xerox Phaser 3121 Printer’ın Windows 10 x86 ve x64 driver’ı bulunmamaktadır. Buna şu şekilde çözüm buldum; Phaser 3124‘ün driver’ını bağlantıdan indirdim. İndirilen programı bilgisayara yükledim. Yükleme tamamlandıktan sonra Ayarlar > Yazıcı ve tarayıcılar > Xerox Phaser 3124 > Yönet > Yazıcı Özellikleri > Bağlantı Noktaları – burada LPT1 olarak seçilmiş bağlantı noktasını USB001 olarak değiştirip Uygula > Tamam deyip kapatıyoruz. Yazıcının kurulumu tamamlanmıştır.

İlgili bağlantılar:

Kafkas Ruleti II – Türkiye’nin Göz Yaşları

Selman Kayabaşı‘nın Kafkas Ruleti serisinin ikinci kitabı olarak karşımıza çıkıyor. Bu kitaptaki kurgu daha güzel. İlk kitapta Kafkaslar üzerine odaklanılmışken bu kitapta ilk kitaptaki hikaye devam ettirilerek  Kuzey Irak konusu ele alınmış. Derin devlet vurgusu bu kitapta daha çok var. Günümüzde Kuzey Irak’ta yaşananlar da dikkate alınırsa ilgi çekici bir kitap olmuş. 12 sene öncesinde yazıldığı da göz önüne alınırsa iyi iş çıkarıldığı gayet açık. Ayrıca Selman Kayabaşı günümüz popüler dizilerinden Payitaht Abdülhamid dizisinin tarih danışmanlığını da yapmaktadır. Şunu söylemeden de edemeyeceğim ki kitabın yazıldığı tarih göz önüne alındığında bu kadar genç bir yazarın böyle bir kurguyu yapması yardımsız ne kadar mümkün bilemeyeceğim(?!). Yakında tarih dizilerinin senaryolarını yazmaya da başlayabilir.

Kafkas Ruleti I – Fırat’ın Ayak Sesleri

Kafkas Ruleti Selman Kayabaşı‘nın 2004-2005 yıllarında yazdığı bir kitap. 2015 yılında ise tekrar basılmış. Kitabın yazıldığı tarihte yazarın 19-20 yaşında. Bu yaşta böyle bir kitabı yazmak akıllarda soru işareti bırakmıyor değil. Azerbaycan’ın Türkiye’nin bir nevi özerk toprağı olması hikayesini anlatıyor. Derin devlet ise devrede. Seri iki kitaptan oluşmaktadır.

İkinci kitap için yorumlarımı linkte bulabilirsiniz.

Openconf Kurulum – Openconf Installation

UBUNTU 14.04.5
OPENCONF 6.71

Ubuntu 16.04’de problem yaşadığım için Ubuntu 14.04.5’e kurulum yaptım. Aşağıdaki kurulum adımlarını sunucuda tamamladıktan sonra web arayüzden Openconf konfigürasyonlarını tamamlayarak kurulum tamamladım.

I chose Ubuntu 14.04.5 because I had some problem on Ubuntu 16.04 during installation of Openconf. After I completed the steps below, I configured Openconf by web gui.

apt-get update
apt-get upgrade
apt-get dist-upgrade
apt-get install apache2
apt-get install lynx
lynx https://www.openconf.com/download/license.php (and download)
apt-get install unzip
unzip openconf-6.71.zip
cp -r openconf /var/www/html/
apt-get install php5 php5-mysql php-pear php5-mcrypt php-xml* php5-cgi php5-cli
apt-get install mysql-server
chown -R www-data:www-data /var/www/html/openconf
chmod -R g+rwX /var/www/html/openconf/*

Kurulumdan sonra sistemin e-posta gönderebilmesi için sendmail’i kurmayı unutmayın. Aksi taktirde We have generated a new password for you, but were unable to email it. Please contact the OpenConf administrator hatası ile karşı karşıya kalabilirsiniz.

apt-get install sendmail