Kategori Arşivi Latex

TexStudio / Latex Referans / Bibliyografya / Kaynakça Güncelleme Problemi

Yazdığım taslağa daha önce eklediğim bir kaç referansı silmeme rağmen bibliyografyadan silinmediğini gördüm. Taslağı bir kaç kez yeniden derledim ama sorun çözülmedi. Problemi aşağıdaki komut ile çözdüm. Oluşturduğunuz latex dosyanızın isminin my_latex_template.tex olduğunu varsayalım.

bibtex my_latex_template.aux

Ardından latex dosyanızı tekrar derleyin (miktex için sırasıyla F6 ve F5’e tıklayın). Sonrasında latex dosyanızı tekrar derleyin. Sorun çözülecektir.

(30.04.2019 tarihinden itibaren toplam 12 kez, bugün 1 kez ziyaret edildi. )

LaTeX MiKTeX I can’t write on file pdf hatası

Öncelikle bu hatanın birden fazla kaynağı olabileceğini söyleyebilirim. Daha önce derlediğimde hata almazken kodda bir değişiklik yapmamama rağmen böyle bir hata aldım. Sonrasında kontrol amaçla pdf dosyasını açtığım ve kapatmadığım aklıma geldi. Arka planda hala açıktı. Bu dosyayı kapatıp tekrar açtım ve sorun düzeldi. Meğer dosya açık olduğundan üzerine yazamıyormuş. Dolayısıyla derleme yapmadan önce açıksa pdf dosyasını kapatmanız gerekmektedir.

I can't write on file \BOOKMARK [1][-]{section.1}{Introduction}{}
I can't write on file 'Filename.pdf'
I can't write on file pdf 
LaTeX
MiKTeX 

Just try to close your pdf file and try again.

(30.04.2019 tarihinden itibaren toplam 11 kez, bugün 1 kez ziyaret edildi. )

LaTeX Komutlar

  • Bir kelimeyi italik yazma
    • \emph{kelime}
  • Satır atlama
    • \bigbreak
  • Özel Karakter
    • Herhangi bir özel karakterden önce / konulur. Örn: % işareti için /% .
  • Alt Başlık
    • /subsection{baslik}
    • /subsubsection{baslik}
  • Nokta nokta
    • {\ldots}{\ldots}
  • Referans Verme
    • \citep{Bag01}
    • \citealp{Bag01}
    • \cite{Bag01}
  • Yeni satır (new line)
    • \newline
  • Hizalamalar (alignments)
    • h – here (bulunduğu yer)
    • b – bottom (alt)
    • t – top (üst)
  • Denklem
    • \begin{equation}
      \sum \text{\it x}+ \text{\it y} =\text{\it Z}\label{eq:01}\vspace*{-10pt}
      \end{equation}
  • Denklemde alt satıra geçebilme (newline)(center olması için split yerine gathered)
    • \usepackage{amsmath}
      /begin{equation}
      \begin{split}
      blabla \\
      blabla
      \end{split}
      \end{equation}
  • Denklemi bölme (break)
    • Bölünecek yere alt satıra geçme komutu olan \\ konur.
  • Denklem (Max)
    • \begin{equation}
      F(i,j) =max
      \left \{
      \begin{tabular}{ccc}
      0\\
      1\\
      2\\
      3
      \end{tabular}
      \right \}
      \label{eq:02}
      \end{equation}
  • Denklem Bölme İşlemi
    • \frac{a}{b}
  • Split environment space bar
    • \
  • Çapraz Referans
    • \label{eq:01} (tanımlama)
    • Equation-\ref{eq:01} (referans)
  • Altlı sayı
    • $a_1$
  • Üslü Sayı
    • a^b
  • Küçüktür Karakteri
    • $<$
  • Tablo
    • \usepackage{booktabs}
      \begin{table}
      \caption {Table Title} \label{Tab:01}
      \begin{tabular}{cccccccccc}
      \toprule
      PC & 20 & 30 & 40 & 50 & 60 & 70 & 80 & 90 & 100 \\
      \midrule
      $\alpha$ & 1 & 2 & 3 & 4 & 5 & 6 & 7 & 8 & 9
      \end{tabular}
      \end{table}
  • Tablo (centering – twocolumn)
    • \begin{table*}[!t]
      \centering
      \processtable{Table Name\label{Tab:02}}
      {\begin{tabular}{lccc}
      \toprule &\%20&\%30&\%40\\
      \midrule
      $ -2$& 77& 78& 79\\
      $ -1$& 77& 78& 79\\
      $ 0$& 77& 78& 79\\
      $ 1$& 76& 78& 79\\
      $ 2$& 77& 78& 79\\
      $ 3$& 78& 79& 80\\
      $ 4$& 76& 77& 78\\
      $ 5$& 76& 77& 78\\
      $ 6$& 77& 77& 78\\\end{tabular}}{}
      \end{table*}
  • Renk tanımlama ve tablonun bir hücresi için bu rengi kullanma
    • \definecolor{6}{RGB}{128,0,128}
    • \cellcolor{6}
    • \cellcolor{blue}
  • Figure
    • Figure-\ref{fig:01}
    • \begin{figure}[!tpb]%figure1
      \fboxsep=0pt{\begin{minipage}[t]{235pt}
      {\includegraphics[width=1\textwidth]{media/blabla.png}}
      \end{minipage}}
      \caption{Sample Alignment with Gap Affine Method \cite{Durbin1998}}\label{fig:01}
      \end{figure}
  • Figure boyut ayarlama
    • \includegraphics[width=0.8\textwidth]
  • Referansları en alta alma
    • /pagebreak yerine /newpage veya /clearpage kullanılabilir. Yalnız tablo kullanıyorsanız bunlar işe yaramayabiliyor. Bu durumda farklı tablo stilleri (örn: tabular) denenebilir.
  • Online Kaynaklar
  • Bazı Özel Karakterler
    • >: /textgreater
    • <: /textless
    • eşit değil (not equal): \neq veya \ne
    • α = /alpha
  • Acknowledgment section
    • \section*{Acknowledgements}
  • Referansları En Alta Gönderme
    • \usepackage{placeins} paketinden \FloatBarrier
(30.04.2019 tarihinden itibaren toplam 44 kez, bugün 1 kez ziyaret edildi. )

Latex kurulum – TeXstudio (Linux)

Daha önce Windows’ta Latex kurulum ve kullanımı ile ilgili bir yazı yazmıştım. Bu yazıda ise Linux üzerine Latex kurulumunda bahsedeceğim. Öncelikle şunu söylemeliyim ki Linux üzerine kurulum daha basit. Sırasıyla çalıştırmanız gereken komutlar aşağıdadır. Yüklenecek paketlerin toplamı yaklaşık 4GB civarında o yüzden bağlantı hızınıza ve diskinizin yazma hızına göre yükleme süresi değişiklik gösterebilir.

apt-get update
apt-get install texlive-full
apt-get install texstudio

Ve kurulum tamamlandı. Programı açıp sonrasında bir latex template’ini açarak yazmaya başladım. İleride latex komutları ile ilgili (yazmak durumunda kalarak öğrendiğim) yazılar da yazmayı planlıyorum.

Ubuntu’da latex dosyanızı derlemek için aşağıdaki komut dizisini kullanabilirsiniz.

pdflatex latex_dosyaniz.tex
(30.04.2019 tarihinden itibaren toplam 15 kez, bugün 1 kez ziyaret edildi. )

Mendeley kurulum ve Latex ile kullanımı

Bir önceki yazımda Latex kurulumundan ve nasıl kullanılacağına başlangıçtan bahsetmiştim. Bu yazımda ise Mendeley programından ve Latex ile birlikte kullanımından söz edeceğim. Mendeley programını makalelerinizi okumak ve paylaşmak, literatür oluşturmak ve referans vermek için kullanabileceğiniz çok kullanışlı bir yazılımdır. Ben referans vermek için nasıl kullanılabileceğinden bahsedeceğim. Kurulum ve kullanım için aşağıdaki adımları takip edebilirsiniz.

  • Öncelikle Mendeley websitesine girip Create Account diyerek bir hesap oluşturuyoruz.
  • Daha sonra Download menüsünden Mendeley programını indiriyoruz ve kuruyoruz (ben şu an için Windows versiyonunu indirip kurdum, Linux versiyonunu da deneyeceğim).

Program kurulumu tamamlandı. Şimdi amacım bir bibliyografi oluşturarak bu bibliyografiyi Latex’te referans vermek ve referanslar bölümü için kullanmak. Bunun öncelikle Mendeley programında Tools > Options menüsüne giriyoruz.

Açılan menüde Enable BibTeX syncing seçeneğini seçiyoruz ve ardından Create one BibTeX file per group diyoruz. Dosyayı nereye kaydedeceğini belirliyoruz. OK‘e basıp pencereyi kapatıyoruz. Böylelikle oluşturduğumuz her grup için otomatik olarak bir BibTeX oluşacak. Ben her yayın için bir grup oluşturmayı düşünüyorum.

Öncelikle sol taraftaki menüde bir grup (bioinformatics_makale) oluşturdum. Sonrasında yayında kullanacağım tüm makaleleri bu klasörün içerisine attım. Referans vereceğiniz her makale elinizde bulunmayabilir bu durumda Literature Search‘e tıklayarak makale isminde arama yapabilir bulduğunuz makaleyi Save Reference ile dökümanlarınıza kaydedebilir ilgili klasörünüze taşıyabilirsiniz. Klasörünüzü tamamıyla oluşturduğunuzda daha önce belirttiğiniz dizinde grupisminiz.bib (benim grubum için bioinformatics_makale.bib) şeklinde dosyanın oluştuğunu göreceksiniz (Ayrıca Literature Search’ten bulamadğınız makale olursa bu durumda Google Akademik’ten makaleyi bulup BibTeX formatında alıntı yap diyip bu alıntıyı kopyalayabilir daha sonra .bib uzantılı dosyanızı bir text editörde açıp bu dosyaya ekleyebilirsiniz).

Bu dosyayı Latex’te kullanmak için öncelikle makaleyi oluşturduğum Latex dizinine bu dosyayı kopyaladım. Daha sonra Tex Studio’da .tex uzantılı main dosyama geldim ve en alt kısmına aşağıda komutlarla bibliyografi dosyamı girdim. İlk satır referans stilimi gösteriyor. Bu sizin yazdığınızı dergiye göre değişiklik gösterebilir. İkinci satır ise referansların hangi dosyadan alınacağını belirtiyor.

\bibliographystyle{natbib}
\bibliography{bioinformatics_makale}

Şimdi gelelim yazı içerisinde nasıl referans vereceğimize. Her hangi bir yerde referans vermek istediğimizde \citep komutunu yazıyoruz. Yazar yazmak otomatik tamamlamada ilgili bibliyografi dosyasındaki tüm referanslar geliyor. Biz buradan istediğimiz referansı seçiyoruz. Referansı seçtiğimizde komut \citep{Altschul1997} şeklinde oluyor.

Ayrıca seçtiğimiz referans makalenin en sonunda referanslar bölümüne de otomatik olarak eklenmiş oluyor.

Referansların yazım stili daha önce bahsettiğim \bibliographystyle komutu ile değiştirilebilir. Size uygun biçimi seçmelisiniz. Ayrıca referans vermek için kullanacağınız farklı komutların olduğunu da unutmayın. Bunlar; citet, citep, citealt, citealp komutlarıdır. Referansların metin içerisinde görünümünü bu komutları kullanarak değiştirebilirsiniz.

(30.04.2019 tarihinden itibaren toplam 42 kez, bugün 1 kez ziyaret edildi. )

Latex başlangıç – TeXstudio (Windows)

Malumunuz akademik çalışmalar yapıyorsanız tez, makale, bildiri vs. yazmanız gerekmektedir. Bu konularla uğraşanlar genellikle Microsoft Office Word yada Libre Office Writer ile başlarlar. Fakat bir müddet uğraştıktan sonra görürler ki ekleme çıkarma esnasında yazı oraya kaydı, resim buraya kaydı derken iş içinden çıkılmaz bir hal almakta çok fazla zaman kaybı olmaktadır. Yıllarca kendisinden haberdar olduğum ama dışarıdan karmaşık göründüğünden dolayı kullanmadığım LaTeX’e sonuçta el atmış bulunmaktayım. Bu amaçla öncelikle internette birkaç yazı okudum. Sonrasında kurulumun nasıl olacağını anlatan link‘teki yazıdan yararlanarak programı kurdum. Bu sebepten dolayı ilgili yazının yazarına paylaşımından dolayı teşekkür ediyorum. Kurulum esnasında onun izlediği yöntemi kullandım. Bu yazıyı yazmamdaki amaç ise kurulum adımlarının blogumda da bulunmasını istiyorum. Yine malumunuz konu hakkında Türkçe kaynak çok fazla bulunmuyor. Bu sebepten dolayı ilerleyen zamanlarda LaTeX kullanımına ve ipuçlarına dair yazılarım olacaktır. Aşağıda kurulum esnasında izlediğim adımlar bulunmaktadır.

  1. MikTeX kurulumu
  2. Ghostscript kurulumu
  3. GSview kurulumu
  4. Editör olarak TeXstudio kurulumu

Bu adımlardan sonra kurulum tamamlanmıştır. Peki bu aşamadan sonra nasıl bir başlangıç yaptım. Öncelikle makale hazırladığım derginin sitesinden Latex şablonunu indirdim ve şablon içerisinde tablo, figür, başlık, referans örnekleri olduğundan dolayı onları düzenleyerek yazmaya başladım. İhtiyacım olduğu yerlerde arama yaparak sorunları çözdüm. Bundan sonraki süreçte Latex’te karşılaştığım problemleri ve çözüm yollarını buradan paylaşacağım.

Kurulum için yararlandığım kaynak adresi: http://asuyatuyolar.org/2011/07/latex-nasl-kurulur

(30.04.2019 tarihinden itibaren toplam 123 kez, bugün 1 kez ziyaret edildi. )

Latex Türkçe Karakter Problemi

Latex için texstudio editor kullanıyorum. Türkçe karakter problemi yaşadım. Editör ayarlarından karakter kodlamasını değiştirsem de çözüm olmadı. Daha sonra basit bir çözüm buldum. Texstudio’nun kendi karakter kodlaması UTF-8 iken hazırladığım dökümanın class tanımlamasının hemen altına aşağıdaki kodları yazdığımda türkçe karakterleri görebilir duruma geldim.

\usepackage[utf8]{inputenc}

Ayrıca tarih vs. gibi yerlerde türkçe kullanılmasını istiyorsunuz. Dökümana aşağıdaki kodları da eklemelisiniz.

\usepackage[turkish]{babel}

(30.04.2019 tarihinden itibaren toplam 37 kez, bugün 1 kez ziyaret edildi. )