Kategori Arşivi Biyoinformatik

LOMETS Programı Kurulum ve Kullanımı

LOMETS programını kurmak için bağlantıya gidip I-TASSER programı indirebilmek için kayıt olmanız gerekiyor. Kayıt olduktan sonra size teyit e-maili geliyor ve bu mail’de şifreniz de belirtiliyor. Daha sonra şu bağlantıya gidip mail adresiniz ve şifrenizle giriş yapıp programı indirebilirsiniz. Size dönüş yapmaları gün içinde olabilir veya birkaç gün sürebilir.

Programı indirdikten sonra istediğiniz şekilde aşağıdaki komut ile açın (bu aşamadan sonra README dosyasından da faydalanabilirsiniz).

tar -xvf I-TASSER5.0.tar.bz2

Daha sonra kütüphane dosyalarını indirmeniz gerekiyor. Bunun için programın içerisinde gelen scripti kullanabiliriz. Programı açtığım dizine girip LIBDIR isminde bir klasör oluşturdum ve scripti çalıştırdım.

cd I-TASSER5.1
mkdir LIBDIR
./download_lib.pl -libdir LIBDIR

Scripti çalıştırdığımız bu opsiyonla indirilebilecek bütün kütüphaneler indiriliyor. Tabi bu işlem uzun bir vakit alabilir. Unutulmaması gereken bir diğer nokta da programı kullanmak için JAVA programına da ihtiyaç duyulduğudur. Aşağıdaki şekilde JAVA’yı kurabilirsiniz.

sudo apt-get update & upgrade
sudo apt-get install default-jdk

LOMETS programını I-TASSERmod klasöründe bulunan runLOMETS.pl scripti ile kullanacağız. Scripte herhangi bir parametre vermeden çalıştırdığımızda bize hangi parametrelerin kullanılabileceğini ekrana yazdırıyor.

I-TASSERmod/runLOMETS.pl

LOMETS programını kullabilmek için zorunlu parametreler ise şunlardır;

I-TASSERmod/runLOMETS.pl -libdir library_directory -seqname sequence_name -datadir data_dir

Bunlardan libdir daha önce kütüphaneleri indirdiğimiz dizin, seqname programa girdi olarak vermek istediğimiz proteinin fasta dosyasının ismi, datadir ise fasta dosyasının bulunduğu dizindir. I-TASSER dizininde örnek için kullanmak üzere example klasörü ve bu klasörün içinde seq.fasta isimli bir dosya bulunmaktadır. Ben öncelikle denemek üzere bu dosya için programıI-TASSER dizininde aşağıdaki komut ile çalıştırdım.

I-TASSERmod/runLOMETS.pl -libdir LIBDIR/ -seqname seq.fasta -datadir example/

Programın çıktı vermesini bir müddet beklemeniz gerekiyor.

PROSITE Linux Installation

mkdir prosite
cd prosite
wget ftp://ftp.expasy.org/databases/prosite/ps_scan/ps_scan_linux_x86_elf.tar.gz
tar -xzf ps_scan_linux_x86_elf.tar.gz
cd ps_scan
wget ftp://ftp.expasy.org/databases/prosite/prosite.dat
export PATH=$PATH:/vol1/nuh/scripts/prosite/ps_scan
chmod +x pfscan pfsearch psa2msa

run -> perl ps_scan.pl fastafile

eskisehir escort eskisehir escort porno porno izle