LOMETS programını kurmak için bağlantıya gidip I-TASSER programı indirebilmek için kayıt olmanız gerekiyor. Kayıt olduktan sonra size teyit e-maili geliyor ve bu mail’de şifreniz de belirtiliyor. Daha sonra şu bağlantıya gidip mail adresiniz ve şifrenizle giriş yapıp programı indirebilirsiniz. Size dönüş yapmaları gün içinde olabilir veya birkaç gün sürebilir.

Programı indirdikten sonra aşağıdaki komut ile veya istediğiniz başka bir biçimde dosyayı açın (bu aşamadan sonra README dosyasından da faydalanabilirsiniz).

tar -xvf I-TASSER5.0.tar.bz2

Daha sonra kütüphane dosyalarını indirmeniz gerekiyor. Bunun için programın içerisinde gelen scripti kullanabiliriz. Programı açtığım dizine girip LIBDIR isminde bir klasör oluşturdum ve scripti çalıştırdım.

cd I-TASSER5.1
mkdir LIBDIR
./download_lib.pl -libdir LIBDIR

Scripti çalıştırdığımız bu opsiyonla indirilebilecek bütün kütüphaneler indiriliyor. Tabi bu işlem uzun bir vakit alabilir. Unutulmaması gereken bir diğer nokta da programı kullanmak için JAVA programına da ihtiyaç duyulduğudur. Aşağıdaki şekilde JAVA’yı kurabilirsiniz.

sudo apt-get update & upgrade
sudo apt-get install default-jdk

LOMETS programını I-TASSERmod klasöründe bulunan runLOMETS.pl scripti ile kullanacağız. Scripte herhangi bir parametre vermeden çalıştırdığımızda bize hangi parametrelerin kullanılabileceğini ekrana yazdırıyor.

I-TASSERmod/runLOMETS.pl

LOMETS programını kullabilmek için zorunlu parametreler ise şunlardır;

I-TASSERmod/runLOMETS.pl -libdir library_directory -seqname sequence_name -datadir data_dir

Bunlardan libdir daha önce kütüphaneleri indirdiğimiz dizin, seqname programa girdi olarak vermek istediğimiz proteinin fasta dosyasının ismi, datadir ise fasta dosyasının bulunduğu dizindir. I-TASSER dizininde örnek için kullanmak üzere example klasörü ve bu klasörün içinde seq.fasta isimli bir dosya bulunmaktadır. Ben öncelikle denemek üzere bu dosya için programıI-TASSER dizininde aşağıdaki komut ile çalıştırdım.

I-TASSERmod/runLOMETS.pl -libdir LIBDIR/ -seqname seq.fasta -datadir example/

Programın çıktı vermesini bir müddet beklemeniz gerekiyor.

LOMETS Kolay Çalıştırma Scripti

Aşağıdaki script ile lomets programını kolayca çalıştırabilirsiniz.

i_tasser_suite_dir=$1
lib_dir=$2
seq_name=$3
data_dir=$4 
perl $i_tasser_suite_dir/I-TASSERmod/runLOMETS.pl -libdir $lib_dir -seqname $seq_name -datadir $data_dir

Bu scripti aşağıdaki komut satırı ile çağırabiliriz.

bash itasser.sh home/nuh/itasser /home/nuh/itasser/lib seq.fasta /home/nuh/itasser/example

Bu şekilde çalıştırdığımızda çıktıyı data dizinine verecektir (/home/nuh/itasser/example). Başka bir dizine verilmesi istenirse output klasörü de girdi olarak verilmelidir.