Aylık Arşiv: Ocak 2017

Linux: Useful Commands

Check if hyper-threading is enabled (Hyper threading aktif mi kontrolü);

lscpu
check Thread(s) per core

Delete all files except txt files (belirli bir uzantıya sahip dosyalar haricindeki tüm dosyaların silinmesi);

find . -type f ! -name '*.txt' -delete

Remove all files which has specific extension (belirli bir uzantıya sahip tüm dosyaların silinmesi);

find . -name "*.txt" -print0 | xargs -0 rm

Delete repetitive lines in a file and save as different file

cat filename.txt | sort | uniq > new_file.txt

LINUX: Dropbox Command Line Interface (CLI) Installation

Installation and Using:

mkdir -p ~/bin
wget -O ~/bin/dropbox.py "https://www.dropbox.com/download?dl=packages/dropbox.py"
chmod +x ~/bin/dropbox.py

Using:

 
 ~/bin/dropbox.py help

Source: http://www.dropboxwiki.com/tips-and-tricks/using-the-official-dropbox-command-line-interface-cli

Can’t locate Moose.pm in @INC

Solution is:

sudo apt-get install libmoose-perl

Slurm Faydalı Komutlar

Bir kullanıcıya ait tüm işleri sonlandırma:

scancel -u username

Bir işi spesifik bir node’da çalıştırma:

sbatch --nodelist nodename scriptname

Belli bir node’u drain durumuna alarak sonraki işlerin ona verilmemesini sağlamak.

scontrol update nodename=nodeismi state=drain reason="sebebi"

Sunucuda node bilgilerini görme (node ismi belirtilmezse tüm node’ları gösterir);

scontrol show nodes nodeismi

Node’u resume moduyla tekrar aktif etme;

scontrol update nodename=nodeismi state=resume

Client’larda node bilgilerini görme;

slurmd -C

Çalışmayan node’lar ve çalışmama sebeplerini görme;

sinfo -R

Çalışan ve çalışmayan tüm node’ları gruplayarak listeleme;

sinfo -l

Sunucuda slurm servisini restart etme (çalışan işlere zarar vermez);

systemctl restart slurmctld.service

Kuyruktaki bir iş hakkında bilgi edinme;

scontrol show job job_id

Çalışan, bekleyen ve yeni bitmiş işler hakkında bilgi edinme

sacct 
sacct -u username | grep COMPLETED

 

Can’t locate Data/Dumper.pm in @INC

Solution:

yum install 'perl(Data::Dumper)'

ImportError: No module named pkg_resources

Error is:

Traceback (most recent call last):
 File "/usr/bin/python-html2text", line 5, in <module>
 from pkg_resources import load_entry_point
ImportError: No module named pkg_resources
(23) Failed writing body
Traceback (most recent call last):
 File "/usr/bin/python-html2text", line 5, in <module>
 from pkg_resources import load_entry_point
ImportError: No module named pkg_resources

Solution is:

yum install python-setuptools -y

Fix Ubuntu: usb Read-only file system Error

sudo mount -o remount,rw '/media/blabla'

Slurm node down: Reason=Low RealMemory

Sorun node’un gerçek bellek miktarını slurm konfigürasyonuna yanlış girdiğinizden kaynaklanmaktadır. Öncelikle node’da

slurmd -C

komutu çalıştırın ve

RealMemory

‘nin karşısında çıkan bellek boyutunu kopyalayın. Daha sonra kontrol bilgisayarına giderek /etc/slurm/slurm.conf dosyasında ilgili node’un RealMemory kısmına daha önce kopyaladığınız değeri yazın. Bu konfigürasyon dosyasını tüm node’lara gönderin. Sunucu bilgisayarda

systemctl restart slurmctld.service

komutu ile slurm’ı restart edin. Node hala down olarak görünüyorsa

scontrol update NodeName=nodeismi State=Resume

komutunu çalıştırın. Sorununuz düzelmiştir.